城市屋顶上，小番茄种了一盆番茄，这是爷爷从老家寄来的种子。一天，她收到一个包裹，里面是一支旧钢笔，笔杆上刻着歪歪扭扭的“番茄”两个字。妈妈说是爷爷转交给她的，说这支笔能写字、画画，还能带她去任何地方。小番茄好奇地摸了摸笔尖，心想：爷爷说的是什么意思呢？
小番茄把钢笔放在枕头下面，晚上睡觉时，她做了一个梦。梦里，她站在老家的大门前，爷爷正在院子里修钢笔。爷爷笑眯眯地说：“番茄，你看，这支笔修好了，你想用它去哪里？”小番茄说：“我想去看看山那边的云。”爷爷把笔递给她，她轻轻一画，天空中出现了一道彩虹桥，她走上桥，风轻轻的，云软软的，像棉花糖一样甜。
第二天醒来，小番茄发现钢笔还在手里，她试着在纸上画了一个圆圈，圆圈变成了一个泡泡，飘了起来。她兴奋极了，又画了一朵花，花就开在了书桌上。她明白了，这支笔真的能把她带到任何地方。于是，她每天都会画一个小东西，有时候是蝴蝶，有时候是小船，但每次画完，她都会想起爷爷的笑脸。
一天，小番茄生病了，不能出去玩了。她躺在床上，拿着爷爷的钢笔，心里有点难过。她画了一个太阳，太阳照进房间，暖洋洋的。她又画了一个爷爷，爷爷从画里走出来，坐在床边，给她讲了一个老家的故事。故事里，爷爷小时候也用这支钢笔写字，还用它画过一只小猫。小番茄听着听着，病就好了一半。
小番茄的病好了以后，她决定用这支钢笔做一件特别的事。她画了一封信，信里写满了对爷爷的想念，然后她请妈妈帮忙把信寄到老家。几天后，爷爷打来电话，说收到了信，信上的字还会发光。小番茄开心地笑了，她发现，虽然爷爷在远方，但爷爷的爱一直陪在她身边，就像这支钢笔一样，能带她去任何想去的地方。
晚上，小番茄抱着钢笔睡着了。月光洒在屋顶上，番茄花在微风中轻轻摇晃。小番茄梦到爷爷又修好了一支笔，那是给她的下一份礼物。她数着星星，一颗、两颗、三颗……慢慢地，世界安静下来，只有笔尖在纸上沙沙作响，像一首摇篮曲。