城市的高楼顶上，有一个小小的屋顶花园。花园里有薄荷、番茄，还有一排陶土花盆。小兔朵朵每天傍晚，都会和妈妈来这里给植物浇水。可她最惦记的，是爷爷从乡下寄来的那盆花生——爷爷说，等花生发芽了，就把最大的那颗留给她。
可是这天，花生苗的叶子黄了，蔫蔫地耷拉着，像犯了困的小耳朵。朵朵蹲在花盆前，轻声问：“花生花生，你怎么啦？”一片小黄叶摇摇晃晃地落下来，落在了她的脚边。朵朵的眼睛湿了，她想起爷爷在电话里说过：“花生要晒太阳，也要听歌谣。”
“对啦！奇迹水！”朵朵一下子跳起来。她记得奶奶讲过，用清晨的露珠泡一片星光花瓣，再对着水唱歌谣，就能让植物重新快乐。可是哪里能找到星光花瓣呢？朵朵想了又想，忽然指着天边，妈妈笑了：“那不是星光花瓣，那是晚霞呀。”
朵朵等啊等，等到天黑下来。她找来一个小碗，放在薄荷叶下面。月亮升起来的时候，碗里接满了亮晶晶的露珠。她又找来一片刚刚落下的红玫瑰花瓣，轻轻放进碗里，然后对着碗唱起爷爷教她的歌：“小种子，快发芽，月亮姐姐陪你啦。”
第二天一早，朵朵端着碗来到花生盆边。她小心地舀起一勺“奇迹水”，慢慢地、慢慢地浇在泥土上。泥土咕咚咕咚喝了一口，然后又喝了一口。这时，一阵微风从远方吹来，好像还带着田野的味道。
妈妈帮朵朵把花盆搬到阳光最好的地方。朵朵每天都来唱歌、浇水。第三天早晨，她发现花盆边冒出一个小小的、嫩绿的芽，尖尖上还挂着一颗圆圆的露珠。朵朵高兴得跳了起来：“妈妈你快看！花生醒啦！”
又过了几天，嫩芽越长越高，叶子舒展开来，像一把把绿色的小扇子。一天傍晚，天空飘来一朵形状很奇怪的云——它真的像是爷爷笑起来的嘴巴。朵朵对着云朵挥挥手，大声说：“爷爷，花生活啦！”
晚上，朵朵做了一个梦。梦里她飞到了乡下，爷爷正在院子里挖花生。每一颗花生都圆滚滚的，爷爷把最大的一颗放进她手心，说：“这是我家朵朵浇出来的‘奇迹花生’呀。”朵朵笑了，她闻到了太阳、泥土和晚风的香味。
第二天醒来，朵朵跑去屋顶花园。花盆中央，真的有一颗小花生拱出了泥土，穿着淡褐色的衣裳。朵朵没有摘它，她轻轻地摸了摸：“你再长大一点吧，等秋天我们来收。”她蹲在花盆边，又开始唱起歌谣。风把歌声带到屋顶上空，飘得很远很远。