小石头是一只圆滚滚的小河狸，他最爱去奶奶老家。那座老房子藏在山谷里，屋后有一片开满野花的山坡。今年夏天，爷爷却去了很远很远的山里采药，要很久才能回来。小石头趴在厨房窗台上，看着山坡上的蒲公英一朵朵飘走，心里空落落的。奶奶在灶台边揉面团，笑眯眯地说：“爷爷留了一个宇宙暗号给你呢。”小石头耳朵一下子竖了起来。
奶奶从柜子深处拿出一只小布袋，里面躺着三颗亮晶晶的小石子，一颗像月亮一样白，一颗像树叶一样绿，还有一颗透得像水滴。奶奶把小石头带到后院那棵老核桃树下，地上铺满圆溜溜的鹅卵石。“你爷爷说，每当你想他的时候，就拿石子轻轻敲三下，他就能听见。”奶奶的声音温柔得像晚风。小石头接过石子，半信半疑地蹲下来。
小石头捡起那颗白色石子，对着一块大青石轻轻敲了三下——叮、叮、叮。奇怪的事情发生了，青石缝里突然冒出一朵小小的蒲公英，毛茸茸的，随着风摇啊摇。小石头眨了眨眼睛，又拿起绿石子敲了三下——叮、叮、叮。这次，核桃树上的叶子沙沙响起来，一片心形的叶子打着旋儿落在他的鼻尖上。小石头咯咯笑起来，他觉得自己好像真的听到了爷爷的笑声。
从那以后，小石头每天都要去后院敲石子。有时候敲白石子，青石缝里就会开出一朵小野花；有时候敲绿石子，树上的小鸟就会飞下来陪他玩一会儿。最神奇的是那颗透明石子——有一天傍晚，小石头偷偷敲了三下，天边忽然出现一道彩虹，一道弯弯的、像爷爷微笑时眯起的眼睛一样的彩虹。小石头仰头看了好久，眼睛里闪着亮晶晶的光。
可是，有一天小石头不小心把布袋弄丢了。他翻遍了整个后院，连一片草丛都找过了，那三颗石子就是不见踪影。小石头急得哭起来，眼泪啪嗒啪嗒掉在地上。奶奶走过来，把他搂进怀里，轻轻说：“傻孩子，爷爷的暗号呀，可不是只有石子才能敲出来。”小石头抽抽噎噎地问：“那还能怎么敲？”奶奶取下自己的银手镯，对着老核桃树轻轻敲了三下——叮、叮、叮。树干上突然滑下一颗露珠，刚好落在小石头的手心里。
小石头愣住了。他试着用指尖敲了三下窗台——叮、叮、叮。厨房里的水壶立刻咕嘟咕嘟唱起了歌，像爷爷在哼山歌。他又用勺子敲了三下碗沿——叮、叮、叮。碗里的米汤荡开一圈圈涟漪，像爷爷在山里采药时迎面吹来的风。小石头忽然明白了：宇宙暗号藏在所有他喜欢的声音里。只要他心里想着爷爷，轻轻敲三下，爷爷就会在远方听见。
秋天到了，小石头跟着妈妈回城里上学。临走前，他把三颗石子埋在那棵老核桃树下，因为他知道，爷爷的暗号已经装进他心里了。在城里的新房间，小石头用铅笔轻轻敲了三下桌子——叮、叮、叮。窗外飞进一片金黄的叶子，上面有一行歪歪扭扭的字：“小石头，爷爷也想你。”小石头把叶子贴在枕头上，闭上眼睛，全世界都变得柔软又安心。
小石头，晚安。如果你也想念爷爷奶奶，就轻轻敲三下身边的东西吧——敲三下枕头，月亮会帮你把思念写好；敲三下被子，星星会替你把声音传到远方。咚咚咚，你听，爷爷在那边也敲了三下石壁呢。宇宙暗号永远有用，因为爱比山谷还要长，比星河还要亮。睡吧，亲爱的宝贝。