惜惜每天最开心的时刻，就是晚上洗完澡，穿着软软的小兔子睡袍，蹦到爸爸怀里，听爸爸读《晚安，月亮》。可最近爸爸总是加班，电话里说：“惜惜乖，爸爸今天晚点回来。”惜惜挂掉电话，抱着爸爸给她买的小花盆，里面种着一颗还没发芽的向日葵种子。
“爸爸不回来，谁来跟我说晚安呢？”惜惜撅着嘴，眼泪在眼眶里打转。奶奶擦掉她的眼泪，神秘地说：“惜惜，奶奶教你一个魔法，可以替爸爸跟花盆说早安。”惜惜眨眨眼：“花盆也要说早安吗？”“当然啦，向日葵种子听到早安，就会快快发芽，替爸爸陪你睡觉。”
第一个夜晚。惜惜抱着花盆，学着爸爸的语气说：“早安，小种子。爸爸今天不能陪你，但惜惜替爸爸来道早安。”她数了三下：“一、二、三，晚安。”然后闭上眼睛。窗外的星星一闪一闪，像爸爸的眼睛。惜惜不知不觉睡着了，梦里，小种子长出了嫩绿的芽。
第二个夜晚。惜惜又抱着花盆，这回她学着爸爸翻书的样子，假装给花盆讲故事：“从前，有一颗小种子，它很想睡觉，可是夜太长……于是它数星星。”惜惜真的数起来：“一颗、两颗、三颗……”数到第十颗时，她打了个哈欠。奶奶轻轻关上台灯，惜惜抱着花盆，嘴角带着笑。
第三个夜晚。爸爸还是加班，惜惜已经不怕了。她主动跑到阳台，对着花盆喊：“早安，小向日葵！”然后她数了五颗星星，对奶奶说：“奶奶，我数完了，小种子说它听见了，它要发芽啦。”奶奶亲亲她的额头：“惜惜真棒，爸爸知道了，一定很开心。”
就在惜惜准备睡觉时，门铃响了——爸爸回来了！爸爸一把抱起她：“惜惜，爸爸今天特意早点回来，给你补读《晚安，月亮》。”惜惜摇摇头：“不用了爸爸，我已经替你把早安说给花盆啦，梦我也帮你看完了——梦里小种子发芽了。”爸爸愣住，然后笑了：“那我们一起看看它到底有没有发芽。”
父子俩来到阳台，借着手电筒的光，他们看见小花盆的泥土里，真的冒出了一点点嫩绿！惜惜眼睛亮了：“哇！我真的把梦看完了！”爸爸蹲下来，认真地对她说：“惜惜，爸爸以后尽量不加班，即使加班，也一定记得打电话跟你说早安。你替爸爸照顾好小种子，也照顾好自己。”
惜惜点点头：“还有奶奶也帮我数星星呢！”奶奶在一旁笑得合不拢嘴。那个夜晚，爸爸抱着惜惜，在月光下读完了《晚安，月亮》。惜惜在爸爸怀里数着星星：“一颗、两颗、三颗……”数到第五颗，她甜甜地睡了。花盆里的小芽在微风里轻轻摇晃，仿佛也在说：晚安，惜惜。