小兔妹妹绒绒住进了城市的高楼。奶奶的老家在乡下，可爸爸妈妈的工作在这里。绒绒站在阳台上，望不见菜园，只能看见对面窗户亮起的小方格子。她趴在栏杆上，小声说：“我想种一棵奶奶那样的青菜。”
哥哥跳跳听见了，从书包里翻出一个皱巴巴的信封，里面是他收集的蔬菜种子。“这是奶奶去年给我的，”跳跳说，“她说，每一粒种子都是小小的愿望。妹妹，我们就在阳台上种一棵愿望菜吧。”
第二天一早，跳跳带绒绒去花鸟市场，挑了一个胖胖的陶土花盆。卖花的老爷爷摸了摸绒绒的头：“种菜要先放土，土要松软，像蛋糕一样。”绒绒用手抓了一把，土从指缝漏下去，凉凉的。
回到家，跳跳把土倒进花盆，用手指戳了几个小坑。“种子不能埋太深，要盖一层薄被。”他轻轻把种子放进坑里，再盖上一层细土。绒绒在旁边转来转去，问：“哥哥，它什么时候发芽？”
跳跳说：“要浇水、晒太阳，还要等上好多天。”绒绒有点着急：“好多天是多久？一天能发芽吗？”跳跳笑了：“一天才够种子打个哈欠。”他拉着妹妹的手：“我们一起每天早上来看它，像跟它说早安一样。”
第三天，花盆里什么都没变。绒绒蹲在旁边，用手指轻轻拨土：“种子，你睡醒了吗？”跳跳也蹲下来：“它还在做梦呢。奶奶说，种子要听到小朋友的笑声才会探出头。”绒绒就对着花盆咯咯笑起来。
第五天，绒绒不想再看了。“愿望菜骗人，”她撅着嘴，也不吃晚饭。跳跳从书包里掏出一张皱巴巴的纸，是奶奶寄来的信。奶奶写着：“绒绒，阳台上的阳光跟乡下的一样暖。如果你每天数十颗星星，愿望菜就会快快长大。”
绒绒当真了。每晚，她都趴在窗边数星星。跳跳陪着她，两人一起小声数：“一、二、三……”数到十，绒绒就安心地闭上眼睛。跳跳轻轻给她盖上被子，像盖种子那样。
到了第八天清早，绒绒还在梦里，就听见哥哥在阳台喊：“绒绒快来！愿望菜发芽了！”绒绒光着脚跑过去，只见一个小绿芽从土里探出头，两片嫩叶像小手掌捧着阳光。绒绒轻轻摸了摸叶子，凉凉的，像奶奶菜园里的露珠。
跳跳蹲下来：“看，它跟你打招呼呢。”绒绒学着哥哥的样子，也蹲成一个小团。“哥哥，愿望菜真的听我的话呀。”跳跳点头：“因为你不是一个人种它，我陪你、奶奶的心也在这里。”
绿芽一天天长高、展开。绒绒每天浇水，跳跳给它讲学校里的故事。叶子从两片变成四片，黄绿色变成了深绿。绒绒把脸凑近闻了闻：“哥哥，它好像有奶奶的菜园的味道。”
一个月后，菜叶铺满了花盆，可以摘下来煮汤了。绒绒舍不得，跳跳说：“奶奶说，菜长大是为了让小朋友吃掉，然后长成小朋友身体里的力气。我们摘几片，剩下的让它继续长。”
妈妈把叶子煮成清汤，绒绒喝了一大口，脸蛋红红的。“哥哥，愿望菜真的好吃。”跳跳笑了：“因为是你自己种的呀。”绒绒歪着头：“那我们可以种一棵西瓜吗？这样夏天就能一起吃西瓜了。”
夜深了，绒绒和跳跳给花盆浇了最后一次水。绒绒对着小菜叶轻轻说：“晚安，愿望菜。”跳跳也学她：“晚安，明天见。”绒绒困得眯起眼睛，嘴里念叨：“哥哥，以后我们种好多好多的愿望菜。”
风吹动阳台的窗帘，花盆里那片深绿的叶子微微点头，仿佛在替奶奶说：好梦，小绒绒。