乡下奶奶家的院子里，种着一棵老槐树。夏天的风把树叶吹得沙沙响，就像在说悄悄话。小兔子朵朵坐在树下的秋千上，晃着两只长耳朵。明天，妈妈要带她去镇上打疫苗。朵朵从来没打过针，她摸着毛茸茸的小屁股，心里七上八下的。
“朵朵，进来喝绿豆汤啦！”奶奶在屋里喊。朵朵跳下秋千，跑到厨房。奶奶递给她一碗绿莹莹的汤，上面还飘着几颗红枣。“奶奶，打针疼吗？”朵朵小声问。奶奶笑了，指着窗外说：“你看天边的云，数三朵，就不怕了。”
这天晚上，朵朵躺在床上，怎么也睡不着。月光把窗台照亮，她想起奶奶的话，开始数窗外的云。一朵、两朵……数到第三朵时，那朵云突然说话了：“你好呀，小兔子！”“啊！”朵朵惊得坐起来。那朵云飘到她面前，白白的，软软的，上面还坐着一个小小的穿白大褂的医生。
“我是云朵医生，”小医生说，“听说你明天要打针，我来给你加油。”朵朵眨眨眼：“真的？打针会怎么样呀？”“就像被小蚂蚁轻轻咬一口，”云朵医生伸出小指头，“然后数三下，就结束了。”朵朵还是有点害怕：“那…那我的屁股会肿起来吗？”“只会有一个小红点，”云朵医生变出一朵云，轻轻按在朵朵屁股上，“睡一觉，明天就好了。”
朵朵闭上眼睛，感受到屁股上传来了棉花糖般的柔软触感。小医生为她盖好云朵被子——温暖、轻盈，还带着阳光和青草的味道。“记住，”云朵医生的声音变得小小的，和蟋蟀声混在一起，“明天打针时，看着天空，在心里默默数三朵云。等数完，针就打好了。”朵朵点了点头，数起数来：“一朵云，暖和和；两朵云，软嘟嘟；三朵云，飘走了。”她的眼皮越来越沉。在梦里，她坐在云朵上，小医生捧着彩虹棒棒糖，和她说再见。
第二天，朵朵坐在医院的长椅上，看着小屁股上要扎针的位置。她记得云朵医生的话，深吸一口气，望向窗外。一朵云飘过，她轻声说：“一朵。”又一朵：“两朵。”第三朵云刚好遮住太阳，给朵朵投下一片温柔的阴影。就在此时，针轻轻扎了下去。“三朵。”朵朵数完，护士阿姨已经贴好了棉球。真的像被小蚂蚁咬了一口！朵朵笑了，原来打针一点也不可怕。
晚上回到家，朵朵躺在自己的小床上。窗外繁星点点，她掰着小手指，从一数到三，又从三数到一。每次数到三，她都想起那朵会说话的白云和云朵医生。她打个哈欠，对远处的云说：“再帮我量一次体温吧……”说着说着，就睡着了。梦里，所有的云都变成了小医生，在月光里对她眨眼睛。
晚安，朵朵。晚安，数云朵的孩子。