在一片软绵绵的云朵森林里，住着一位小小的肚子里的小医生，名叫咕噜噜。咕噜噜穿着白大褂，戴着小圆帽，每天的工作就是在森林里巡查，帮小动物们疏通身体里的下班路——也就是让食物顺利消化，让便便按时离开。可是今天，咕噜噜遇到了一个大麻烦：森林里最胆小的小兔子米米，因为害怕打针，缩在树洞里不肯出来。米米的好朋友小松鼠跳跳急得团团转，因为米米已经三天没有便便了，肚子胀得像个小皮球。
咕噜噜背起小药箱，走到树洞前，轻轻敲门：“米米，我是肚子里的小医生，让我帮你看看好吗？”米米捂着耳朵摇头：“不要打针！针尖尖的，好可怕！”咕噜噜想了想，从药箱里拿出一根闪闪发光的彩糖棒：“这不是针哦，这是‘疏通下班路’的小棍棍，咱们先做游戏好不好？来，跟我一起深呼吸——吸气，数到三，一、二、三；呼气，再数到三，一、二、三。”米米跟着咕噜噜做了三次深呼吸，感觉肚子没那么紧了。
咕噜噜又说：“现在，我把彩糖棒放在你的小肚子上，像小蚂蚁爬一样轻轻点三下，我的‘小医生朋友们’就会来帮忙啦。第一次点，是让胃里的小火车开动；第二次点，是让肠子的小滑梯转起来；第三次点，是让下班路亮起绿灯。”米米闭上眼睛，觉得小肚子上痒痒的、暖暖的。咕噜噜点完，说：“我们数三下，一、二、三——哇，你听，肚子里有咕噜噜的声音了！”米米惊喜地发现，肚子真的在轻轻唱歌。
可是，下班路上还有一块大石头——那是米米心里对打针的害怕。咕噜噜拿出一个亮晶晶的小听诊器，放在米米胸口：“让我听听小害怕在哪里。啊，它躲在心跳后面，我们一起对它吹口气，把它吹成蒲公英好不好？”米米鼓起腮帮子，对着听诊器“呼”地一吹，咕噜噜接住那口气，变成了一朵小小的蒲公英，轻轻飞走了。米米觉得心里轻松多了，好像有什么东西被疏通了一样。
这时，森林里的猫头鹰医生送来了一个真正的小针管，但里面装的不是药，而是甜甜的果汁糖浆。咕噜噜说：“这是‘勇敢糖浆’，只要滴一滴在舌头上，心跳就会变成小鼓‘咚咚咚’，为你加油。”米米张开嘴，滴了一滴——甜丝丝的，还有草莓味。她突然笑了：“原来打针也可以甜甜的呀！”肚子里的下班路彻底通畅了，米米开心地跑去小厕所，解决了所有烦恼。
晚上，米米躺在小床上，咕噜噜坐在她枕头边，轻轻哼着歌：“深呼吸，数三下，小医生疏通下班路，宝宝肚子咕噜噜，像小河水流流。”米米跟着咕噜噜一起，又做了一次深呼吸：“一、二、三，呼气——”眼睛慢慢闭上了。咕噜噜帮她盖好被子，轻声说：“明天，我们还要一起疏通下班路哦。”森林里静悄悄的，所有小动物都进入了甜甜的梦乡。